秘书室：负责机关长和各部门之间的工作协调，以及机关长指导文件的起草与传达，还有必要时候对藤机关各部门进行工作指导。
秘书室是陈立力排众议强行成立的，理由是不熟悉下面人，不好开展工作。
至于高级军官以及高级工作人员安排:
机关长:藤原小野（少将）负责协调藤机关一切事务。
副机关长:影佐祯昭（少将）辅助机关长工作，同样也有权力。
情报顾问:今井武夫（大佐）负责情报方面，如为藤机关寻找情报人才、进行情报工作等。
军事顾问:晴气庆胤（中佐）负责协调藤机关与其他部门的合作，如宪兵队。
政治顾问:犬养健（文职人员，是内阁特派）负责传达内阁对于政治方面的指示，
机关长私人顾问:竹下森（大尉）属于谋略类，帮助机关长出谋划策。
副机关长秘书:山本和一（少佐）协助副机关长工作，也属于秘书室。
秘书长兼机关长私人秘书:藤野村树（中佐）职责上面提过。
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