军队将领侵占屯田，士卒沦为佃农，军屯收入无法支撑军需。
其三、军事训练废弛。
卫所士卒陈琦从事农作或杂役，缺乏实战训练，战斗力低下。
其四、指挥体系割裂。
五军都督府与兵部职权交叉，战时调度效率低下。
针对卫所制的弊端，杨轩已经有了解决的办法。
首先就是改革军户制度，这是势在必行的。
除却少部分地区外，大部分地区，要废除军户世袭制度。
将他们转为民籍。
同时推行募兵制，保证军队的战斗力。
还有，军中的老弱也需要裁撤，转为民籍。
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