明军设立“都察司”督察地方武装动向；
禁止私设兵营、私养武士，凡持兵不报者，视为叛逆处死。
而面对顽固不降的残余势力，徐闻采取分区清剿、连坐压制与政治招抚并用之策。
最著名的是“关东余孽三年剿灭战”。
那些逃入深山或联合海盗骚扰海岸的旧幕府死忠，被分为十三股势力，活动于箱根、日光、越后、佐渡等地。
徐闻任命孙子徐昭为“东征使”，统领五万兵力，分批扫荡。
对顽抗者：焚寨灭营、斩首示众；
对动摇者：劝降纳编，封为佐将，令其子送往东京为质；
对归顺者：赏赐田土，允其归耕。
一年之内，残敌尽平。
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